Здесь могло быть несколько причин как по отдельности, так и в совокупности:
Во-первых, достоверность результатов зависит именно от квалификации полиграфолога - от того насколько грамотно он составит вопросники, проведёт процедуру и расшифрует реакции зависит итоговый результат. Поскольку даже интонация голоса с которой задаётся вопрос имеет значение.
Во-вторых, конечно же, важна исправность самого оборудования на котором проводят тестирование;
В-третьих, видели ли Вы сам отчёт, в котором содержатся итоговые результаты? Отчёт полиграфолог предоставляет заказчику, информировать ли о результатах проверяемого, это остаётся на усмотрение заказчика;
В-четвертых, полиграф не различает маленькая ложь скрывается или большая, он просто регистрирует реакции человека на задаваемые вопросы. Может быть так, что Вы скрыли, незначительную по Вашему мнению, информацию и Ваш организм среагировал.